É o final do século XXVI. A Terra está se recuperando de uma explosão catastrófica que exterminou a maioria da população há séculos e tornou a maior parte da superfície inabitável devido a condições meteorológicas extraordinárias. Os seres humanos sobreviventes organizados ao longo de quatro ideologias radicalmente diferentes, chamados Caminhos, tentam reconstruir o mundo como eles entendem: Harmonia, Dominância, Progresso e Salvação. Seguidores dos quatro Caminhos vivem em uma paz frágil, mas em isolamento quase completo. Seu único ponto de encontro é a última grande cidade da Terra, agora conhecida apenas como Capital.

Ao ativar os misteriosos Time Rifts que se abriram no cataclismo, cada Caminho é capaz de alcançar de volta momentos específicos de seu passado. Fazer isso pode acelerar muito seu progresso, mas muita interferência pode pôr em perigo o continuum espaço-tempo. Mas o progresso é mais importante do que nunca: se a mensagem misteriosa que chega através da Fenda do Tempo é para ser acreditada, um cataclismo ainda mais terrível está se aproximando no horizonte: um asteroide com a misteriosa substância chamada Neutronium está se dirigindo para a Terra. Ainda mais estranho, os cientistas mostram que a assinatura energética do asteroide corresponde à explosão que aconteceu há séculos...

Anachrony apresenta um sistema único de colocação de trabalhadores de duas camadas. Para viajar à Capital ou aventurar-se nas áreas devastadas de recursos, os jogadores precisam não de apenas vários especialistas (engenheiros, cientistas, administradores e gênios), mas também de Exoesqueletos para protegê-los e melhorá-los - e ambos são escassos.

O jogo é jogado em 6-10 rodadas, dependendo do número de jogadores e o tempo que o cataclismo iminente ocorra (a não ser, é claro, se for evitado). As rodadas decorrentes são medidas em uma Timeline dinâmica. Ao ligar o Tempo Rifts, os jogadores podem voltar para turnos anteriores e completar ações que tiveram de renunciar antes. Cada caminho tem um objetivo muito diferente que premiará com uma enorme quantidade de pontos de vitória quando alcançado. O jogo é ganho pelo Caminho que recolheu mais pontos de vitória no final do último turno.